Sự chiếm đóng tay ba

Ngày 13 tháng 4 năm 1941, Hitler ban hành Chỉ thị số 27, làm rõ chính sách chiếm đóng Hy Lạp của ông ta trong tương lai.[114] Tiếp đó, ông đã hoàn tất việc nắm quyền tại khu vực Balkan bằng Chỉ thị số 31 ban hành ngày 9 tháng 6.[115] Phần đất liền Hy Lạp được chia sẻ giữa Đức, Ý và Bulgaria. Các lực lượng Đức chiếm đóng những khu vực có tầm chiến lược quan trọng hơn, cụ thể là Athens, Thessaloniki và Trung Macedonia, cùng nhiều hòn đảo tại biển Aegea, bao gồm cả phần lớn đảo Crete. Họ còn chiếm đóng Florina, nơi mà cả Ý và Bulgaria đều tuyên bố chủ quyền.[116] Cũng trong ngày mà Tsolakoglou tuyên bố đầu hàng, quân đội Bulgaria đã xâm chiếm Thrace, với mục tiêu giành lấy một lối ra biển Aegea tại Tây Thrace và Đông Macedonia. Người Bulgaria chiếm đóng phần lãnh thổ nằm giữa sông Struma và một tuyến ranh giới chạy qua Alexandroupoli và Svilengrad phía tây sông Evros.[117] Phần còn lại của Hy Lạp thuộc về người Ý. Quân Ý bắt đầu chiếm giữ các đảo Ionia và Aegea ngày 28 tháng 4. Tiếp đó, họ lần lượt chiếm đóng Peloponnese ngày 2 tháng 6; Thessaly ngày 8 tháng 6 và phần lớn Attica vào ngày 12 tháng 6.[115]

Cuộc chiếm đóng Hy Lạp — mà trong đó thường dân phải chịu đựng khó khăn gian khổ vô cùng, rất nhiều người bị chết do thiếu thốn và nghèo đói — là một nhiệm vụ khó khăn và tốn kém. Nó dẫn đến sự thành lập của nhiều nhóm kháng chiến quân Hy Lạp, họ đã mở nhiều cuộc tấn công du kích chống lại lực lượng chiếm đóng và thiết lập nên những mạng lưới gián điệp.[118]

Trận Crete

Ngày 25 tháng 4 năm 1941, Quốc vương George II cùng chính phủ mình đã rời khỏi lục địa Hy Lạp để đến Crete, nơi đó cũng bị các quân đội Đức tấn công vào ngày 20 tháng 5 năm 1941.[119] Quân Đức triển khai lực lượng lính dù thực hiện một chiến dịch không vận quy mô lớn, tấn công vào ba sân bay trên hòn đảo tại Maleme, Rethymno và Heraklion. Sau bảy ngày chiến đấu và kháng cự quyết liệt, các chỉ huy Đồng Minh quyết định rằng tình hình là vô vọng, và ra lệnh rút quân khỏi Sfakia. Đến 1 tháng 6 năm 1941, cuộc sơ tán khỏi Crete được hoàn thành và hòn đảo hoàn toàn rơi vào tay người Đức. Trước tình trạng thương vong nặng nề của Sư đoàn Lính dù số 7 tinh nhuệ, Hitler đã cấm mọi hoạt động không vận tiến hành trong tương lai.[120] Tướng Kurt Student đã gọi Crete là "mồ chôn lính dù Đức" và là một "chiến thắng thảm họa".[120] Trong đêm 24 tháng 5, George II và chính phủ Hy Lạp đã được sơ tán khỏi Crete để đến Ai Cập.[39]